Efter att ha startat karriären i Radnički Svilajnac så gick Mirković till FK Rad där han spelade i tre säsonger och gjorde 62 ligamatcher. Storklubben Partizan Belgrad värvade honom till säsongen 1993/94 där han vann ligan 1994 och 1996. Efter den senare ligasegern gick Mirković vidare till italienska Atalanta där han spelade i två säsonger.
1998 värvades han av Marcello Lippi till Juventus.[2] Första säsongen spelade han 19 matcher i Serie A och gjorde ett mål. När Carlo Ancelotti senare tog över tränarjobbet så ansågs Mirković vara överflödig och han tappade således sin plats i laget. Under sommaren 2000 lämnade han därför klubben till förmån för turkiska Fenerbahçe.[3] Under sin första säsong i klubben så lyckades Fenerbahçe vinna Süper Lig och gick dessutom till final i turkiska cupen.
Zoran Mirković vände hem till Partizan Belgrad 2004 där han senare avslutade sin karriär efter en återkommande ryggskada 2006.
Mirković gjorde 59 landskamper för Serbien och Montenegro och var med i VM 1998.[4] Han skulle även ha spelat i EM 2000 men i den sista kvalmatchen mot Kroatien blev Mirković utvisad och senare avstängd i tre matcher.[5]