Marcello Lippi tränade ett antal smålag, innan han i början av 1980-talet togs upp i Sampdorias tränarstab.
Sitt stora genombrott fick han under 1990-talet då han ledde krisdrabbade Napoli till en sjätteplats i Serie A. 1994 utnämndes han till tränare för storlaget Juventus och med Lippi vid rodret vann de Serie A 1995, 1997 och 1998. Champions League-titeln erövrades i maj 1996 på Roms Olympiastadion då Juventus vann finalen på straffar mot holländska Ajax.
1999 gjorde han en kort sejour med Milanolaget Inter innan han hösten 2001 återgick till Juventus. I sin andra sejour med Juventus vann laget Serie A både 2002 och 2003. Man nådde även Champions League-finalen 2003 men förlorade emot ärkerivalen AC Milan efter straffar.
I maj 2012 meddelade den kinesiska klubben Guangzhou Evergrande att man skrivit ett två och ett halvt års kontrakt med Lippi. 2016 tog han över uppdraget som förbundskapten för Kinas landslag.