Werner Günthör (född 1 juni1961 i Uttwil, Schweiz) är en före detta schweizisk kulstötare i friidrott. Günthörs storhetstid var i slutet av 1980-talet och början av 1990-talet. Bland annat vann han tre raka VM-guld under åren 1987-1993.
Günthör personliga rekord är 22,75 meter från en tävling i Bern, Schweiz, den 23 augusti1988 vilket placerar honom på femte plats genom idrottshistorien (oktober 2008) [1].
Den 2,00 meter långe Günthör tävlade efter friidrottskarriären i bob. Idag jobbar han som idrottslärare och friidrottscoach. Han är gift och bor i Biel, Schweiz.