Den tredje omgången av Copa Chile 2011 består av de 18 vinnande lagen från den andra omgången och de arton lagen från Primera División. Lagen delades in i tre olika rankinggrupper. Därefter fick varje lag spela mot ett lag i varje rankinggrupp två gånger (inklusive sin egen), vilket gav sex matcher per lag. Efter de sex matcherna sammanställs alla lag i en tabell där de åtta bästa går vidare till kvartsfinaler. Lagens placering bestäms efter följande kriterium:
Poäng
Flest vunna matcher
Bäst målskillnad
Flest gjorda mål
Samtliga spelomgångar fastställdes den 16 juni av ANFP, Chiles organisation för proffsklubbar.