Pribnow-box

Pribnow-box (även känd som Pribnow-Schaller-boxen) är en promotorsekvens hos prokaryoter. Det är en sekvens av TATAAT av sex nukleotider (tymin, adenin, etc.) som är en viktig del av ett promotorställe på DNA för att transkription ska ske i bakterier.^[1]^[2] Den är en idealiserad eller konsensussekvens — det vill säga den visar den mest frekvent förekommande basen vid varje position i många analyserade promotorer. Individuella promotorer skiljer sig ofta från konsensus på en eller flera positioner. Den kallas också vanligtvis för -10-sekvensen, eftersom den är centrerad ungefär tio baspar uppströms från platsen för initiering av transkription.

Pribnow-boxen har en funktion som liknar TATA-boxen som förekommer i promotorer i eukaryoterocharchaea. Den känns igen och binds av en underenhet av RNA-polymeras under initiering av transkription.^[3] Denna region av DNA:t är också det första stället där baspar separeras under prokaryotisk transkription för att tillåta åtkomst till mallsträngen. AT-rikedomen är viktig för att tillåta denna separation, eftersom adenin och tymin är lättare att bryta isär (inte bara på grund av färre vätebindningar, utan också på grund av svagare basstaplingseffekter). ^[4]

Sannolikheten för förekomst av varje nukkleotid i E. coli

Från *Harley et al*.:^[5]
T	A	T	A	A	T
82 procent	89 procent	52 procent	59 procent	49 procent	89 procent

Se även

TATA-box

Referenser

Den här artikeln är helt eller delvis baserad på material från engelskspråkiga Wikipedia, Pribnow box, 19 november 2022.

Noter

^ Pribnow, David (March 1975). ”Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter”. PNAS 72 (3): sid. 784–788. doi:10.1073/pnas.72.3.784. ISSN 1091-6490. PMID 1093168. Bibcode: 1975PNAS...72..784P.
^ Schaller, Heinz; Gray, Christopher; Herrman, Karin (February 1975). ”Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of Bacteriophage fd”. PNAS 72 (2): sid. 737–741. doi:10.1073/pnas.72.2.737. ISSN 1091-6490. PMID 1054851. Bibcode: 1975PNAS...72..737S.
^ Feklistov, Andrey; Darst, Seth (2011). ”Structural Basis for Promoter −10 Element Recognition by the Bacterial RNA Polymerase σ Subunit”. Cell 147 (6): sid. 1257–69. doi:10.1016/j.cell.2011.10.041. PMID 22136875.
^ Yakovchuk, Peter; Protozanova, Ekaterina; Frank-Kamenetskii, Maxim D. (January 2006). ”Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix”. Nucleic Acids Research 34 (2): sid. 564–574. doi:10.1093/nar/gkj454. ISSN 0305-1048. PMID 16449200.
^ Harley, Calvin B.; Reynolds, Robert P. (March 1987). ”Analysis of E. coli promoter sequences” (PDF, 0.9 MB). Nucleic Acids Research 15 (5): sid. 2343–2361. doi:10.1093/nar/15.5.2343. ISSN 0305-1048. PMID 3550697.

Externa länkar

[Pribnow1975-1] Pribnow, David (March 1975). ”Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter”. PNAS 72 (3): sid. 784–788. doi:10.1073/pnas.72.3.784. ISSN 1091-6490. PMID 1093168. Bibcode: 1975PNAS...72..784P.

[Schaller1975-2] Schaller, Heinz; Gray, Christopher; Herrman, Karin (February 1975). ”Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of Bacteriophage fd”. PNAS 72 (2): sid. 737–741. doi:10.1073/pnas.72.2.737. ISSN 1091-6490. PMID 1054851. Bibcode: 1975PNAS...72..737S.

[3] Feklistov, Andrey; Darst, Seth (2011). ”Structural Basis for Promoter −10 Element Recognition by the Bacterial RNA Polymerase σ Subunit”. Cell 147 (6): sid. 1257–69. doi:10.1016/j.cell.2011.10.041. PMID 22136875.

[Yakovchuk2006-4] Yakovchuk, Peter; Protozanova, Ekaterina; Frank-Kamenetskii, Maxim D. (January 2006). ”Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix”. Nucleic Acids Research 34 (2): sid. 564–574. doi:10.1093/nar/gkj454. ISSN 0305-1048. PMID 16449200.

[5] Harley, Calvin B.; Reynolds, Robert P. (March 1987). ”Analysis of E. coli promoter sequences” (PDF, 0.9 MB). Nucleic Acids Research 15 (5): sid. 2343–2361. doi:10.1093/nar/15.5.2343. ISSN 0305-1048. PMID 3550697.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]