Han tog år 1939 över en emaljfabrik i Kraków, Polen, som när den gick som bäst hade 1 750 arbetare av vilka 1 000 var judar. Kontakterna inom Abwehr, Nazitysklands underrättelsetjänst, hjälpte Schindler att skydda sina judiska arbetare från deportation och avrättningar i nazisternas koncentrationsläger. Bland annat lyckades han utverka en flytt av fabriken och dess arbetare till Brünnlitz (tjeckiska: Brněnec), i Sudetenland, för att skydda arbetarna från en nästintill säker död i gaskamrarna. Vid krigets slut i maj 1945 hade han gjort av med hela sin förmögenhet, som till störst del gått till mutor.
För sina insatser under kriget förklarades Schindler 1963 som Rättfärdig bland folken av den israeliska regeringen. Han avled den 9 oktober 1974 i Hildesheim i dåvarande Västtyskland, och begravdes på den Katolska kyrkogården i Jerusalem, som enda medlem av nazistpartiet som hedrats på detta sätt.
