Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages

Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) är ett mjukvaruprogram som utvecklats av medlemmar från COG-UK consortium.^[1]^[2] Programmet använder sekvenser från helgenomsekvensering av patientprover med viruset sars-cov-2 för att sortera in de olika virusen i "släktträd", samt namnge olika grenar av det.^[3]

Förkortningen pangolin betyder på engelska myrkotte, vilket är ett av de djur som misstänkts ha varit värd för sars-cov-2 innan viruset kom till människan. Programmet har alltså namngivits för att ge en lämplig förkortning.

Se även

Varianter av SARS-CoV-2

Referenser

^ ”Home - COG-UK Consortium” (på engelska). www.cogconsortium.uk. https://www.cogconsortium.uk/. Läst 31 januari 2021.
^ ”Real-Time Epidemiology for COVID-19 | Centre for Genomic Pathogen Surveillance”. www.pathogensurveillance.net. https://www.pathogensurveillance.net/resources/articles/real-time-epidemiology-for-covid-19.html. Läst 31 januari 2021.
^ ”Pangolin web application release” (på engelska). Virological. 13 maj 2020. https://virological.org/t/pangolin-web-application-release/482. Läst 31 januari 2021.

Externa länkar

PANGOLIN open source software at GitHub.com

[1] ”Home - COG-UK Consortium” (på engelska). www.cogconsortium.uk. https://www.cogconsortium.uk/. Läst 31 januari 2021.

[2] ”Real-Time Epidemiology for COVID-19 | Centre for Genomic Pathogen Surveillance”. www.pathogensurveillance.net. https://www.pathogensurveillance.net/resources/articles/real-time-epidemiology-for-covid-19.html. Läst 31 januari 2021.

[3] ”Pangolin web application release” (på engelska). Virological. 13 maj 2020. https://virological.org/t/pangolin-web-application-release/482. Läst 31 januari 2021.

[1]

[2]

[3]