Sin första match gick Musoke mot Tomi Hietanen vid Shooto Finland: Chicago Collision 3.[3] Han besegrade Tomi via submission i första ronden. Musoke radade efter det upp ytterligare tre förstarondssegrar.
Den 29 oktober 2010 drabbades Musoke av sin första förlust i karriären då han drogs ut av Danny Mitchell i andra ronden vid Superior Challenge 6.[4] Musoke lyckades snabbt ta sig tillbaka från förlusten, då han slog ut Wiktor Sobczyk vid BoB 3 senare under året.[5] Fem vinster, en förlust och en "no contest" senare kontrakterades han av UFC.
Musoke gick sin första match i UFC den 26 oktober2013, då han hoppade in för en skadad "Jycken" Cedenblad och tog sig an Alessio Sakara vid UFC Fight Night 30.[6] Nico drog ut Sakara via en armbar i första ronden och succédebuten var ett faktum. Den 15 februari 2014 tog sig Musoke an Viscardi Andrade vid UFC Fight Night 36.[7] Den matchen vann Musoke via enhälligt domlut.
Den 28 juni 2014 ställdes Musoke mot sitt hittills tuffaste motstånd, då han tog sig an Kelvin Gastelum vid UFC Fight Night 44.[8] Matchen slutade med en domslutsseger till Gastelum, och Musoke förlorade därmed sin första match i organisationen.[9]
Musoke var bokad för en match mot Amir Sadollah på UFC:s tredje gala i Sverige, UFC Fight Night Stockholm, som ägde rum den 4 oktober i Stockholm.[10] Matchen ströks dock kort efter att den blev officiell, då Amir blev inbokad för en annan match.[11] Musoke fick en ny motståndare i form av ryssen Alexander Yakovlev,[12] och besegrade denne inför hemmapubliken i Globen via enhälligt domslut vid UFC Fight Night 53.[13]
Musoke meddelade via sin officiella facebooksida att han skulle försvara sitt mellanviktsbälte mot brasilianen Marcelo Alfaya vid SC 20 den 7 december 2019.[16] En match han vann via enhäligt domslut.
Nicholas Musoke
Tomi Hietanen (FIN)
Jeppe Fausing (DEN)
Danny Mitchell (ENG)
Wiktor Sobczyk (POL)
Cathal Pendred (IRL)
Steven Ray (SCO)
Mickael Lebout (FRA)
Ronny Alexander Landaeta Utrera (SPA)
Alessio Sakara (ITA)
Viscardi Andrade (BRA)
Kelvin Gastelum (USA)
Alexander Jakovlev (RUS)
Bojan Veličković (SER)
Dylan Andrews (NZL)