Héctor var yngre bror till Carlos Scarone (född 1888), som även han var fotbollsspelare för bl.a. Uruguay, Nacional och CURCC. Bröderna är ej syskon till Roberto Scarone, även han fotbollsspelare och tränare för Uruguay.
Scarone föddes och växte upp i Uruguays huvudstad Montevideo. Hans familj kom ursprungligen från Savona, Ligurien. Han spelade en stor del av sin spelarkarriär i Nacional, där han blev ligamästare åtta gånger mellan åren 1916–1934. Han blev intresserad av att spela i spanska ligan, men spelade för Barcelona i bara sex månader. Efter avslutad karriär på planen blev Scarone tränare för spanska Real Madrid och Nacional. När han återvände till Nacional, återvände han som spelare vid 55 års ålder. Han ändrade sig efter ett par spelade matcher och blev därefter tränare.