Scharfenbergs far var lärare. Efter utbildningen vid Universitetet i Halle blev Scharfenberg pastor i Ritschenhausen. Som bisyssla forskade han som entomolog. Han publicerade bland annat i Journal für Liebhaber der Entomologie som utgavs av Ludwig Gottlieb Scriba.[1] Tillsammans med Johann Matthäus Bechstein utgav han 1804 verket Vollständige Naturgeschichte der schädlichen Forstinsekten.[2] Dessutom var Scharfenberg ledamot av ett större jaktsällskap.[1]