FK Lietuvos Makabis grundades 1991 (AFK Neris). Klubben finansierades av den judiska affärsmannen Semionas Alperis, som på hans begäran byttes namn till "Makabi" i ett försök att återskapa judiska fotbollstraditioner mellan kriget. En del av FK Žalgiris Vilnius klubbspelare gick med i laget.