Elitserien i baseboll 2003 var den för 2003 års säsong högsta serien i baseboll i Sverige. Totalt deltog 8 lag i serien och alla spelade mot varandra tre gånger, vilket gav totalt 21 omgångar. Utöver detta spelade varje lag ytterligare en omgång mot tre av lagen i serien, vilket gjorde att alla lag i Elitserien 2003 spelade totalt 24 matcher. De fyra främsta avancerade vidare till slutspel, de två lägst placerade gick till nedflyttningsplayoff.
I slutspelet deltog lagen som hamnade på plats ett till fyra i den andra omgången. Laget på första plats mötte laget på fjärde plats och laget på andra mötte det tredje, i en semifinalserie. Semifinalerna och finalerna spelades i bäst av fem matcher.
Ett playoff-spel spelades för att avgöra upp- och nedflyttning inför kommande säsong. Först spelades en omgång i bäst av fem matcher mellan Skövde och Alby, som kom näst sist och sist i Elitserien. Förloraren fick möta ett lag från divisionen under i bäst av fem matcher där vinnarlaget kvalificerade sig för Elitserien nästa säsong. Skövde vann med 3-0 i matcher mot Alby, som ställdes mot Stockholm i den andra omgången. Där vann Alby med 3-0 i matcher. Inget lag flyttades således upp eller ner inför nästa säsong.
