Han har tidigare varit huvudtränare i FC Midtjylland och assisterande tränare i Randers FC, och i AaB, först under huvudtränare Erik Hamrén, senare Bruce Rioch och till sist Magnus Pehrsson. Hösten 2008 var han med stor framgång tillfällig huvudtränare i AaB, efter att klubben den 23 oktober 2008 valde att avskeda Bruce Rioch. År 2011 återvände Kuhn till AaB där han var assisterande tränare.[1]
Inför säsongen 2016 blev huvudtränare för Malmö FF.[2] Han ledde Malmö FF till allsvenskt guld innan han till slut sparkades efter säsongen.[3]
Allan Kuhn är bror till fotbollstränaren Hasse Kuhn.