Göteborgs skärgårds försvarsområde bildades den 1 oktober 1942 som ett marint försvarsområde och var direkt underställd chefen för Västkustens marindistrikt. Den 1 oktober 1957 omorganiserades Västkustens marindistrikt till Marinkommando Väst, vilket bland annat innebar att Göteborgs kustartilleriförsvar avskiljdes för att den 1 juli 1958 bildade en egen myndighet. Vid samma tidpunkt uppgick Göteborgs skärgårds försvarsområde, Göteborgs försvarsområde och Halmstads försvarsområde i Göteborgs kustartilleriförsvar som antog namnet Göteborgs och Bohus samt Hallands försvarsområde jämte Göteborgs kustartilleriförsvar (Gbk/Fo 32/31).[1]
När försvarsområdet bildades förlades dess stab till Nya Varvet i Göteborg, från den 1 mars 1944 förlades staben till Kärringberget, där det verkade fram till dess upphörande.